In den großen Städten fallen besonders viele Juden den „Pestpogromen“ zum Opfer
Nach dem Vordringen der Pest, die erstmals 1347 im Mittelmeerraum aufgetaucht war, breiteten sich von Südwesteuropa über die Schweiz städtische Judenpogrome aus. Die Stimmung zwischen Juden und Christen hatte sich vielerorts schon vorher verschlechtert: Viele hatten gegenüber Juden religiöse Vorurteile oder sie hassten sie als Kreditgeber, bei denen sie verschuldet waren. Als 1349 die Pest immer näher kam, entstanden Gerüchte, die Juden hätten die tödliche Krankheit durch die Vergiftung bewusst ausgelöst. Darauf wurde teils offen die Verbrennung aller Juden gefordert. Die Pogrome entstanden jedoch meist nicht als spontane Aktionen, sondern wurden oft von oben gesteuert. Dabei spielten innerstädtische Auseinandersetzungen zwischen Handwerkern und Stadtrat eine Rolle, teils unter Mitwirkung des Adels oder von Geistlichen. Auch Kaiser Karl IV. leistete einen Beitrag: Er suchte Städte als Verbündete und versprach z. B. in Frankfurt oder Nürnberg schon im Voraus Straffreiheit, falls „die Juden daselbst nächstens erschlagen“ würden.
In Straßburg kam es Anfang 1349 zum ersten Massenmord in einer großen deutschen Stadt. Glaubt man einem Chronisten, verbrannte man dort sechs Tage lang insgesamt 2000 Menschen in einem extra errichteten Holzgebäude. Verschont wurden lediglich Taufwillige, Kinder und „schöne Frauen“.
In Köln fassten die jüdischen Gemeindeältesten verzweifelt den Beschluss, sich selbst in ihren Häusern zu verbrennen, um einer Zwangstaufe zu entgehen. Sie kamen jedoch nicht mehr dazu, denn in der Nacht vom 23. auf den 24. August 1349 drang ein aufgehetzter Mob ins Judenviertel ein und verheerte es. Möglicherweise kamen bei der „Judenschlacht“ Tausende Menschen zu Tode. Der Stadtrat verurteilte die Vorgänge zwar, griff jedoch nicht ein und vermied es, Täternamen zu nennen.
In Nürnberg hatte Karl IV. den durch einen Handwerkeraufstand entmachteten Stadtrat wieder eingesetzt. Um der aufgeheizten Stimmung zu begegnen, erteilte er dann die Erlaubnis, das zentral gelegene Judenghetto abzureißen. Dabei forderte er nur, anstelle der Synagoge eine Kirche zu errichten. Mindestens 562 Juden fielen dem Pogrom Ende 1349 zum Opfer. An der Stelle des Ghettos entstanden dann der Hauptmarkt und die Kirche „zu Ehren der Jungfrau Maria“.
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